やりかた

pthファイルを使います
Portable Blenderなどでも同様の方法が使えると思いますがためしてません

Gimp Portableに付属してくるPythonの Lib/site-packagesフォルダ内に、以下のような内容で anaconda2.pthという名前のファイルを作成

c:\anaconda2\lib

c:\anaconda2\lib\site-packages

ドライブ名やフォルダ名は適宜変更してください